Run 3 tại run3.app đã mở rộng vũ trụ của nó với chế độ cốt truyện mới đi sâu vào những bí ẩn của đường hầm. Chế độ theo hướng tường thuật này giới thiệu các nhân vật mới, mỗi nhân vật có cốt truyện và động lực riêng khi họ điều hướng các đường hầm nguy hiểm để tìm kiếm câu trả lời. Người chơi có thể mở khóa các phần của câu chuyện khi vượt qua các cấp độ, tiết lộ bí mật về nguồn gốc của các đường hầm và các thế lực bí ẩn đang hoạt động. Chế độ cốt truyện có các đường dẫn phân nhánh, cho phép người chơi đưa ra các lựa chọn ảnh hưởng đến hướng đi của câu chuyện và quyết định số phận của các nhân vật. Chế độ này bổ sung thêm một cấp độ nhập vai mới cho trò chơi khi người chơi trở nên đầu tư hơn vào thế giới của Run 3 và những thử thách mà nhân vật của họ phải đối mặt. Bên cạnh các yếu tố tường thuật, chế độ này còn giới thiệu cơ chế chơi trò chơi mới, chẳng hạn như giải câu đố và khám phá, bổ sung cho hành động nhịp độ nhanh của trò chơi cốt lõi. Việc bổ sung nội dung theo cốt truyện giúp Run 3 tại run3.app trở nên hấp dẫn hơn, mang lại trải nghiệm phong phú hơn, hấp dẫn hơn cho những người chơi thích cả hành động và kể chuyện.
